商业房四十年后，可以采取以下几种方式处理：
申请续期
商业房的土地使用权到期后，房主可以向相关部门提出申请，要求续期土地使用权。续期后，房主依然可以继续使用这块土地上的房产。
补缴土地出让金
根据当时的地价水平补缴土地出让金，然后再次申请土地使用权。商业用地的全国统一执行的土地使用年限为40年，届满时权利人可以提前一年提出续期申请。
国家收回土地和建筑物
如果根据规划需要，国家需要收回土地和地上建筑物，那么业主也可以得到相应的经济补偿，采用类似拆迁安置的办法解决。这种情况下，业主有权获得相应的补偿。
自动续期
住宅建设用地使用权期限届满后，自动续期，续期费用的缴纳或者减免，依照法律、行政法规的规定办理。非住宅建设用地使用权期限届满后的续期，也依照法律规定办理。
有限续约权
土地使用年限到期后，业主具有有限续约权，可以继续缴纳土地出让金享受使用权。商业用房40年产权到期后，业主可以申请继续使用土地，但需注意生活费用和贷款限制。
建议
提前规划：在商业房的使用年限即将到期前，业主应提前了解相关政策，并考虑是否需要申请续期或进行其他安排。
咨询专业律师或顾问：由于续期具体操作可能涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师或相关顾问，以确保自身权益得到保障。
关注政策变化：政府关于土地使用权续期的具体政策可能会有所变化，持续关注相关政策动态，以便及时应对。
通过以上方式，商业房在四十年后仍然可以继续使用，并且有可能获得相应的经济补偿。
